Фамилия Магурян образована от армянского мужского имени Магур, которое переводится как «прощенный Богом». Такая модель типична для армянских фамилий: к личному имени добавляется суффикс -ян (или -янц), означающий принадлежность к роду. В данном случае Магурян — буквально «из рода Магура» или «потомок Магура». Основа имени Магур, вероятно, восходит к древнеармянскому корню со значением прощения или милости, что делает фамилию не просто родовым знаком, а отражением религиозного контекста, в котором имя давали как пожелание или свидетельство божественного прощения.

Существует и другая, менее правдоподобная версия, связывающая фамилию со славянскими языческими представлениями. Согласно ей, имя Магура принадлежало дочери громовержца Перуна — облачной деве, прекрасной, крылатой и воинственной, сродни скандинавской валькирии. Магура покровительствовала богатырям: на поле брани она подбадривала сражающихся воинственными кликами, её золотой шлем сверкал на солнце, вселяя радость и надежду. Если же воин падал от удара вражеского меча или был пронзен стрелою, Магура осеняла его своими крылами и давала выпить воды из золотой чаши. Отведавший живой воды отправлялся в Ирий, райские чертоги, для жизни вечной. Таким образом, имя Магура могло использоваться как охранительное, призванное защитить будущего воина от тяжёлых ранений и смерти. Однако эта гипотеза слаба: во-первых, суффикс -ян нехарактерен для славянских фамилий, во-вторых, имя Магура в славянском пантеоне — персонаж мифологический, а не бытовое личное имя, от которого обычно образуются фамилии. Вероятнее всего, перед нами чисто армянская фамилия, и её корни следует искать в армянской ономастике, а не в славянских преданиях.

Географически фамилия Магурян встречается преимущественно в среде армянской диаспоры, а также в регионах исторического расселения армян — на Кавказе, в Закавказье и в южных областях России. В силу редкости фамилии её носители, скорее всего, восходят к одному роду, разошедшемуся по разным местам в результате миграций XIX–XX веков.