Фамилия Магакян — яркий представитель армянского ономастикона, и её разговор стоит начать не с корня, а с суффикса, который сразу выдаёт происхождение. Окончание -ян (в старой орфографии -янц) — это самый распространённый армянский патронимический суффикс, означающий «из рода такого-то» или «принадлежащий к». Если русские фамилии часто заканчиваются на -ов/-ев, указывая на сына, то армянские на -ян указывают на потомка. Таким образом, Магакян — это «потомок Магака».

Основа фамилии — личное имя Магак. В армянском языке это имя имеет прозрачную этимологию: оно восходит к слову «магак» (մաղաք), что переводится как «светлый», «ясный», «сияющий». Это не просто прозвище, а полноценное древнеармянское имя, которое давали с пожеланием светлой, чистой судьбы. Встречаются и варианты имени Магакия, Магакеция, но фамилия закрепилась именно в краткой форме.

С точки зрения географии, фамилия Магакян распространена в основном среди западных армян — выходцев из исторической Западной Армении (территория современной Турции) и их диаспоры. После геноцида 1915 года многие носители фамилии оказались в Ливане, Сирии, Франции, США и, конечно, в Армении, куда часть вернулась в советское время. Это не фамилия какого-то узкого клана, а достаточно типичная для региона Вана, Муша и окрестностей.

Интересная деталь: хотя имя Магак — светское, в народной этимологии его иногда путали с церковным именем Малахия (от древнееврейского «вестник»), но лингвистически это разные корни. Магак — чисто армянское слово с индоевропейскими корнями, родственное древнеиндийскому mahā («великий»), но в армянском оно приобрело значение «сияющий».

Социальный состав носителей неоднороден. Среди Магакянов были и крестьяне, и ремесленники, и священнослужители. Фамилия не указывает на аристократическое происхождение (для этого есть суффиксы -уни, -янц с другим ударением), но и не несёт оттенка простонародности. Это рядовая, но древняя фамилия, корни которой уходят в средневековье, когда имя Магак было ещё вполне употребительным.

В русском языке фамилия склоняется по правилам заимствованных фамилий на -ян: в мужском роде — Магакян, Магакяна, Магакяну; в женском — не склоняется, если речь о женщине. Ударение, как правило, падает на последний слог — Магакя́н, хотя в армянской среде возможны варианты с ударением на первый слог в зависимости от диалекта.