Фамилия Магкян — армянская, и это видно невооружённым глазом по конечному -ян. В армянской ономастике суффикс -ян (и его вариант -янц) — самый распространённый патронимический показатель, означающий «принадлежащий к роду такого-то» или «потомок». Если убрать суффикс, остаётся основа Магк-.

Корень Магк- неочевиден для носителя русского языка. Скорее всего, он восходит к армянскому слову «маг» (մագ) — «маг», «волшебник», «жрец» или «кудесник». В древности это могло быть прозвище человека, который занимался врачеванием, гаданием или исполнял жреческие функции. В армянской традиции слово «маг» связано и с зороастрийскими жрецами, и с народными знахарями. Добавление суффикса -к- (Магк) могло давать уменьшительное или уничижительное значение, то есть «маленький маг» или «сын мага».

Другая, менее вероятная версия: основа Магк- может быть вариантом имени или топонима. Например, в Армении есть село Магакия (историческая область), но связь с фамилией Магкян не подтверждена источниками. В любом случае, фамилия редкая и не встречается массово за пределами армянской диаспоры.

Географически носители фамилии Магкян сосредоточены в Армении и в диаспоре — в России, США, Ливане. В России, по данным переписей, фамилия единична, чаще встречается в Краснодарском крае и Москве. Сословно армянские фамилии на -ян были распространены среди крестьян и ремесленников, реже — среди духовенства; дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

В ономастических справочниках (например, у Б. Унбегауна или А. Суперанской) фамилия Магкян не разбирается отдельно — это типичная армянская патронимическая модель, где корень требует локальной этимологии. Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он происходил из семьи, где хранили память о прозвище «маг» — возможно, знахаря или человека, которому приписывали сверхъестественные способности.