Фамилия Магакьян — почти стопроцентный маркер армянского происхождения. Её выдают два элемента: корень «Магак» и типичный армянский суффикс «-ян», который в русской передаче закрепился через «-ьян» (в оригинале — յան). Этот суффикс означает принадлежность к роду или происхождение от предка, то есть Магакьян буквально — «из рода Магака» или «потомок Магака». В самой Армении фамилия чаще встречается в форме Магакян, а вариант с твёрдым знаком перед «ян» — результат адаптации при записи в российских паспортах и метриках XIX–XX веков, когда русское письмо не всегда передавало армянскую мягкость.

Основа «Магак» восходит к армянскому личному имени Մաղաք (Магак). Это имя, в свою очередь, имеет две возможные этимологии, и обе рабочие. Первая связывает его с армянским словом «магак» (մաղաք) — «нежный», «мягкий», «кроткий». В таком случае имя было пожелательным, характеризовало ожидаемый характер ребёнка. Вторая версия, более распространённая среди ономастов, выводит Магак из библейского имени Малахия (в армянском звучании — Малакия, Մաղաքիա), что значит «посланник Бога» или «ангел». В народном произношении и бытовом обиходе имя сократилось до Магак, и уже от этой краткой формы пошли фамилии.

Географически фамилия Магакьян (Магакян) тяготеет к исторической Западной Армении и регионам, связанным с крупным армянонаселённым центром — городом Карс и его окрестностями. После трагических событий начала XX века носители фамилии расселились по всему миру, но значительная их часть осела на юге России (Краснодарский край, Ростовская область) и в Армении. Встречается фамилия и в Грузии, в регионе Самцхе-Джавахети, где исторически жили армяне.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ по профессии или внешности, Магакьян не даёт нам прямого указания на занятие предка. Он говорит только об имени родоначальника — мужчины, которого звали Магак. Кем он был — крестьянином, ремесленником, священником — по фамилии не определить. Однако сам факт, что фамилия не содержит сословного суффикса (как, например, у княжеских армянских фамилий на «-уни» или «-янц»), указывает на её происхождение в среде простых людей — скорее всего, ремесленников или земледельцев, у которых фамилии закрепились в XIX веке при российской переписи населения.

Любопытно, что в русском языке фамилия иногда подвергалась дальнейшей адаптации: встречаются варианты Магаков и Магакин — результат русификации армянского окончания. Но форма Магакьян остаётся основной и узнаваемой.