Фамилия Магаков — один из тех случаев, где корень слова вызывает споры, а суффикс указывает на географию. Это типичная русская фамилия с патронимическим суффиксом -ов, то есть образована от личного имени или прозвища предка: Магак — сын Магака, внук Магака.

Самая прямая и распространённая версия связывает основу Магак с тюркскими языками. В татарском, башкирском, казахском слово «магак» или близкие к нему формы означают «лягушка». Прозвище Лягушка могли дать человеку за голос, манеру двигаться или внешность — в народной среде такие прозвища были обычны и не считались обидными. Эта версия подкрепляется тем, что фамилия Магаков встречается в Поволжье и на Урале, в зоне активного русско-тюркского контакта.

Существует и менее вероятная версия от крестильного имени Маг — краткой формы от Магн (лат. «великий») или Магогиан. Но имя Маг в святцах редкое, а фамилия Магаков не фиксируется в центральных русских областях, где такие канонические имена давали чаще. Поэтому тюркское происхождение прозвища выглядит убедительнее.

Если отбросить домыслы, то по модели образования фамилия Магаков стоит в одном ряду с такими же прозвищными фамилиями, как Жабаков, Ужов, Кротов. В Ономастиконе С. Б. Веселовского и в словаре Б. Унбегауна прямых упоминаний фамилии Магаков нет, что неудивительно — она не принадлежала к дворянским или широко известным родам, а бытовала в крестьянской и мещанской среде.

Интересная деталь: у фамилии есть вариант Магаков с ударением на последний слог — Магако́в. В русской традиции ударение в фамилиях на -ов обычно падает на окончание, если основа короткая, но в случае с «Магаков» возможно двоякое произношение. В документах XIX века встречается написание «Магаковъ», что лишь отражает старую орфографию, а не другую этимологию.

Таким образом, предки современных Магаковых с высокой вероятностью носили прозвище Магак, данное по сходству с лягушкой, и жили в регионах, где русские соседствовали с тюркскими народами. Фамилия не редкая, но и не распространённая — её носители разбросаны от Татарстана до Сибири.