Фамилия Малакян — типичный пример армянской родовой фамилии, образованной по модели, где суффикс -ян (в диалектах также -янц, -енц) указывает на принадлежность к клану. Дословно «Малакян» означает «из рода Малака» или «потомок Малака». В основе фамилии лежит прозвище Малак, которое пришло в армянский язык из турецкого, где «malak» переводится как «молодой буйвол».

Значение этого прозвища неоднозначно и зависит от того, на какую черту характера или внешности указывали окружающие. В турецкой культуре бык — животное агрессивное, поэтому Малаком могли прозвать драчливого, задиристого человека. С другой стороны, буйвол — символ физической силы и выносливости, а иногда и упрямства. Соответственно, прозвище могло закрепиться за человеком крепкого телосложения или, наоборот, за строптивым и неуступчивым в спорах.

Словообразовательная модель здесь проста: корень Малак- плюс патронимический суффикс -ян. В староармянском языке и в диалектах Западной Армении чаще встречались формы на -янц (например, Малакянц), но в современном литературном языке закрепился вариант на -ян. Это одна из самых распространённых фамильных моделей в Армении, аналогичная русским фамилиям на -ов/-ев.

Среди носителей фамилии наиболее известен американский гитарист армянского происхождения, что подтверждает её бытование в диаспоре. В самой Армении фамилия встречается, но не входит в число самых частотных — она скорее редкая, что делает её происхождение более локальным, возможно, привязанным к конкретному роду или селу.