Фамилия Маграрян — армянская, и её разумнее всего рассматривать в контексте армянской ономастики, а не русской. Она образована по типичной для восточноармянских фамилий модели: к основе добавляется патронимический суффикс -ян (в русской передаче часто -ян, реже -ан). Этот суффикс восходит к древнеармянскому -янц, означавшему «из рода такого-то» или «потомок». Таким образом, Маграрян — это «потомок Маграра» или «принадлежащий к роду Маграра».

Основа фамилии — личное имя или прозвище Маграр. В армянском языке слово «маграр» (մագրար) не имеет ходового бытового значения, но является антропонимом. Наиболее вероятное объяснение: это вариант имени Мкртич (Мкртыч), которое в народном произношении могло сокращаться до Магр или Маграр. Мкртич — армянское имя, означающее «креститель», «предтеча», и в прошлом было очень распространено. Фонетический переход «мкр» в «магр» встречается в диалектах, особенно в западных и южных говорах, где сочетания согласных упрощались.

Вторая, менее популярная версия связывает Маграр с тюркским словом «магар» (в значении «может быть», «пожалуй») или с арабским «магъриб» (запад, закат), но эти гипотезы слабые: для армянских фамилий заимствования из арабского через тюркские языки редки, а «магар» как прозвище не зафиксирован в источниках. Поэтому версия от имени Мкртич выглядит убедительнее.

Географически фамилия Маграрян встречается в Армении и в армянских диаспорах — в России, Грузии, странах Ближнего Востока. В Российской империи носители фамилии фиксировались в Тифлисской и Эриванской губерниях, а также среди армянских переселенцев на Кубани и в Крыму. Суффикс -ян однозначно указывает на восточноармянское происхождение (в отличие от западноармянского -янц или -еан), что говорит о корнях из исторической Восточной Армении.

В социальном плане предки Маграрян могли быть ремесленниками, торговцами или крестьянами — армянские фамилии на -ян не указывают на дворянство или духовенство, а лишь на родство. Если исходить из основы-имени Мкртич, то носитель фамилии, скорее всего, был потомком человека, которого в народе звали Маграр — упрощённо от Мкртич. Фамилия не редкая, но и не массовая, что типично для антропонимов, образованных от диалектных форм имён.