Фамилия Маргаиян — редкий для русского уха пример армянской фамилии, образованной по патронимической модели с суффиксом -ян. Этот суффикс, восходящий к древнеармянскому -янц (родовой падеж множественного числа), буквально означает «из рода такого-то» или «принадлежащий к дому». Таким образом, Маргаиян — это «потомок Маргара» или «из семьи Маргара».

Основа фамилии — мужское личное имя Маргар. В армянском языке это имя имеет древнеперсидские корни и переводится как «жемчужина» (от персидского «марварид»). В христианской Армении имя получило дополнительный смысл, ассоциируясь с чистотой и драгоценностью, а также с евангельской притчей о жемчужине великой цены. Встречается и вариант этого имени — Маргарит, который тоже дал начало фамилиям Маргаритян, Маргарян.

Интересно, что в русской среде фамилию Маргаиян могли записывать по-разному: из-за отсутствия в русском языке звука, передаваемого армянской буквой «ղ» (гха), на слух она могла превращаться и в Маргаиян, и в Маргаян. Вариант с «и» в середине — более точная передача исходного произношения, где «и» не отдельная морфема, а часть основы, смягчающая переход от корня к суффиксу.

По географии фамилия тяготеет к регионам исторической Армении и армянской диаспоры. В России она встречается редко, в основном в общинах потомков армян, переселившихся в XIX–XX веках. Сословно носители могли быть и крестьянами, и ремесленниками, и купцами — армянская фамилия не указывала на знатность сама по себе, а лишь на родовую принадлежность. В советское время, при паспортизации, многие армянские фамилии получили фиксацию именно в таком виде, какой мы видим сейчас, поэтому Маргаиян — не искажение, а один из возможных вариантов записи, закреплённый документально.

Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Маргарян, Маргаритян, а также более редкие Маргаров и Маргарянц. Все они восходят к одному и тому же имени-жемчужине, но различаются суффиксами, указывающими на разные диалектные или исторические формы образования родового имени.