Фамилия Мщисеев — редкий случай в русской ономастике, и её разбор требует внимания к деталям. С первого взгляда бросается в глаза необычное скопление согласных в корне «Мщ-», что сразу выделяет фамилию из ряда привычных. Основа здесь — «Мщис-» или «Мщисе-», а суффикс «-ев» указывает на стандартную модель образования русских фамилий: от прозвища или имени, оканчивающегося на мягкий согласный или на -й. Чаще всего такие фамилии означали «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то».

Самая вероятная версия происхождения — от прозвища или имени Мщисей (или Мщиса). В русских говорах, особенно в северных и центральных областях, слово «мщить» означало «мостить», «выстилать», «настилать» (от общеславянского *mъstiti — «мостить»). Прозвище Мщисей могли дать человеку, который занимался мощением дорог, укладкой полов или настилом мостов — то есть ремесленнику, плотнику или строителю. Форма «Мщисей» — это просторечное или диалектное образование от глагола «мщить» с суффиксом -ей, характерным для личных имён и прозвищ (сравните: Матвей, Тимофей, но и прозвища вроде Хватей, Бей). Таким образом, Мщисеев — буквально «сын Мщисея», то есть потомок мостильщика или мастера по настилу.

Менее правдоподобная, но допустимая версия связывает фамилию с личным именем Мстислав, которое в народном произношении могло сократиться до Мщислав, а затем до Мщисей. Однако такой переход маловероятен, так как имя Мстислав — княжеское, и его бытование в крестьянской среде было редкостью, а усечение до «Мщисей» не зафиксировано в известных источниках. Поэтому версия с прозвищем от ремесла выглядит гораздо убедительнее.

Географически фамилия Мщисеев, судя по редкости, могла возникнуть в одном из локальных говоров, где слово «мщить» было употребительно, например, в Псковской, Новгородской или Тверской областях. В современных справочниках и базах данных эта фамилия почти не встречается, что говорит о её крайней малочисленности или даже угасании. Возможно, она существовала в единичных родах, которые не дали массового потомства, или была изменена при переписях из-за сложности произношения.

Что касается социального контекста, то носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянскому или ремесленному сословию. Фамилии на «-ев» в этой среде были типичны для Центральной России и формировались в XVI–XVII веках. Мщисеевы, если судить по прозвищу, не принадлежали к знати, а были людьми труда, чья работа была заметна в быту: мощение улиц, строительство мостов, настил полов в избах и хоромах. Других версий — от тюркских или иных корней — не прослеживается, так как основа «мщ-» нехарактерна для неславянских языков, а суффикс «-ев» чисто русский.