Фамилия Мщжейко — редкий пример, где внешний облик слова почти полностью скрывает его происхождение. На первый взгляд сочетание «мщж» кажется искусственным или искажённым, но на деле это результат адаптации белорусской или польской фамилии к русской письменности. Корень здесь — «мщж», который восходит к западнославянскому mszcz- (от mścić — «мстить»). В польском языке существует фамилия Mszczuj, Mszczyński, а форма с суффиксом -ейко (белорусский вариант -эйка) указывает на уменьшительно-ласкательную или патронимическую модель: «сын или потомок Мщжа». Суффикс -ейко типичен для восточнославянских фамилий, особенно для белорусских (как Толстейко, Куцейко), и часто закреплялся за крестьянскими и мещанскими родами.

Географически фамилия Мщжейко, скорее всего, сформировалась на территории современной Беларуси или восточной Польши, где польские и белорусские говоры смешивались. В документах XIX века встречаются похожие написания — Мщжевский, Мщженский, но форма на -ейко указывает на более низкое социальное происхождение: такие фамилии редко носили шляхтичи, чаще — крестьяне или однодворцы. Из-за сложного произношения в русской среде фамилию могли упрощать: записывать как Мщевко, Мщовко или даже Щейко, отбрасывая первый согласный.

Есть и альтернативная версия: корень мог быть не от «мстить», а от древнепольского *mszcz — «меч» (ср. польск. miecz). В этом случае Мщжейко — прозвище воина, мастера меча, или человека, носившего соответствующее имя. Но эта гипотеза менее убедительна, так как формам на -ейко больше свойственна личная или родственная привязка, чем профессиональная. В любом случае, фамилия Мщжейко — реликт западнославянской фонетики, сохранившийся в восточнославянской среде благодаря редкому стечению обстоятельств.