Фамилия Мужейко — яркий пример украинско-белорусской модели образования фамилий на -ко, которая в XVI–XVII веках была особенно распространена на землях Речи Посполитой. Суффикс -ко в тех краях выполнял уменьшительную или уничижительную функцию, но со временем закрепился как фамильный: так появились тысячи фамилий от Шевченко до Мужейко. Основа здесь — «муж», то есть мужчина, супруг, взрослый человек. Получается, что Мужейко — это «маленький муж» или «мужичок». Но не в современном бытовом смысле, а в старом, где «мужик» означало крестьянина, свободного общинника, а не человека низкого статуса.

Вероятнее всего, фамилия пошла от прозвища Мужей или Мужейко. Так могли назвать невысокого, но крепкого мужчину, либо, наоборот, молодого парня, который рано женился и стал «мужем» по хозяйству. Встречается и другая версия: прозвище могли дать по отцу — «мужей сын», то есть сын мужа (взрослого хозяина). В любом случае, корень прозрачный, без тёмных и заимствованных слоёв.

Географически фамилия Мужейко чаще всего встречается на западе Украины, в частности на Волыни и в Галичине, а также в южных регионах Беларуси. В России она редка, но встречается среди потомков переселенцев из этих земель. В польских метриках XIX века можно найти записи Mużejko — с буквой «ż», что указывает на мягкое произношение.

Ударение в фамилии плавающее: в украинской традиции чаще падает на второй слог — Мужéйко, в русскоязычной среде нередко говорят Мýжейко. Оба варианта допустимы, хотя первый исторически точнее.

С точки зрения социального происхождения, Мужейко — однозначно крестьянская или казацкая фамилия. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не зафиксировано. В реестрах Войска Запорожского и гродских судах Волынского воеводства фамилия встречается с середины XVII века, что подтверждает её давнюю бытовую, а не искусственную природу.

Родственных фамилий — множество: Муженко, Мужик, Мужиков, Мужанский. Все они образованы от того же корня, но с разными суффиксами. Мужейко стоит особняком именно благодаря редкому для русского уха суффиксу -ейко, который в украинском языке звучит естественно, а в северных говорах почти не встречается.