Фамилия Мстафин — редкий случай, когда за основу взято не имя и не профессия, а гидроним, то есть название реки. Мстафин — «с реки Мсты» или «мстинский». Река Мста, протекающая в Тверской и Новгородской областях, известна с древности: она была частью знаменитого водного пути «из варяг в греки». Человек, получивший прозвище Мста, скорее всего, жил на берегах этой реки или переселился оттуда, а его потомки стали Мстафиными.

Модель образования фамилии — от основы на -а (Мст-а) с помощью суффикса -фин. Это нестандартный вариант: обычно от имён на -а делают фамилии на -ин (Мстин, Мстов). Суффикс -фин указывает на иноязычное влияние, скорее всего тюркское. В русской ономастике фамилии на -фин (Салтыфин, Калдыфин) часто возникали на стыке культур — в районах, где русские и татары жили рядом, например в Касимовском ханстве или на южных рубежах. Возможно, предок Мстафина был татарином или мордвином, которого за глаза называли «русским со Мсты», а фамилию оформили по местному образцу.

География фамилии подтверждает эту версию. Мстафины встречаются в Поволжье — в Татарстане, Башкортостане, Ульяновской области. Это не случайно: именно туда в XVI–XVII веках переселялись служилые люди с северо-запада, в том числе из новгородских земель, после разгрома Новгорода Иваном Грозным. Фамилия могла закрепиться за крещёным татарином или русским, который долго жил в татарской среде и получил фамилию с характерным суффиксом.

Другая, менее вероятная версия — от тюркского имени или прозвища. В тюркских языках есть корень «мста» со значением «месть» (от арабского «мустафа» — избранный, но это другое слово). Однако гидронимическая версия надёжнее: она объясняет и редкость фамилии, и её привязку к конкретной местности.

В написании фамилии возможна путаница: иногда её путают с Мустафиным (от имени Мустафа) или Мстин. Но Мстафин — самостоятельная фамилия, в которой слышна география, а не арабское имя. Если вы Мстафин, ваши предки, скорее всего, были выходцами с берегов Мсты, которые волею судеб оказались в Поволжье и обрусели, сохранив в фамилии память о далёкой реке.