Фамилия Мудей — один из тех случаев, где прозрачная на первый взгляд основа обманчива, а история происхождения уходит в народную речь, а не в скабрезность, которую может предположить современное ухо. Слово «мудей» в старых русских говорах значило вовсе не то, что приходит на ум сейчас. В архангельских и вологодских диалектах «мудей» — это забитый, тихий, безответный человек, простак или даже дурачок. Прозвище давали тому, кто не давал сдачи, был смирным и незлобивым, а иногда — просто недалекому парню. Таким образом, фамилия Мудей образовалась напрямую от этого прозвища без патронимического суффикса — то есть человека в быту так и называли: Мудей, а его детей — Мудеевы или просто Мудей. Такая модель характерна для украинских и белорусских фамилий, а также для русских фамилий на -ей, которые часто фиксировали прозвище без изменений.

Суффикса -ов или -ин здесь нет, что указывает на относительно позднюю фиксацию фамилии в документах или на её происхождение из среды, где фамилии закреплялись в краткой, «уличной» форме. В ревизских сказках XIX века по южнорусским губерниям (Курская, Воронежская, Харьковская) встречаются крестьяне с фамилией Мудеев — это уже стандартная патронимическая форма, означающая «сын Мудея». Сама фамилия Мудей без окончания встречается реже и может быть результатом упрощения при переписи или сознательным сохранением исходного прозвища.

Есть и вторая, менее вероятная версия, которую иногда приводят в любительских этимологиях: связь с древнерусским словом «муд» — мужской половой орган. Однако эта гипотеза слабая. В старых документах такие прозвища фиксировались крайне редко и обычно в виде грубых, но не табуированных форм (например, Хуйков, Пиздин). Фамилия Мудей, если бы она происходила от этого корня, скорее всего, имела бы вид Мудов или Мудкин. Основная масса носителей фамилии происходит из чернозёмных губерний, где диалектное «мудей» в значении «простак» было в ходу, так что первая версия гораздо правдоподобнее.

Географически фамилия Мудей тяготеет к югу России и востоку Украины. В современных базах данных её носители встречаются в Ростовской, Волгоградской областях, а также в Краснодарском крае. Это указывает на то, что предки были, скорее всего, государственными или помещичьими крестьянами, получившими фамилию по уличному прозвищу при отмене крепостного права или при переписях середины XIX века.

Таким образом, фамилия Мудей — это не вызов и не курьёз, а память о деревенском прозвище, которое описывало характер человека: тихого, незлобивого, может быть, даже простоватого. В этом смысле она стоит в одном ряду с фамилиями Тишаев, Смирнов или Молчанов — только с более редкой и местной основой.