Фамилия Мудоёбик — один из тех редких случаев, когда этимология лежит на поверхности, но требует историко-культурной оговорки. В основе лежит древнерусское слово «мудоеб» (или «мудоебка»), которое в XV–XVII веках не имело современного матерного оттенка. Тогда «мудо» означало «мужское яичко» (от праславянского mǫdo), а «ебать» — «бить, сечь, хлестать» (родственно латышскому eibt* — «двигать туда-сюда»). Таким образом, прозвище Мудоеб давали не сквернослову, а человеку с определенной профессией: скорее всего, скотнику или пастуху, который кастрировал быков и баранов. В крестьянском быту это называли «мудоебить» — грубое, но точное обозначение ремесла.

Суффикс -ик указывает на уменьшительно-уничижительную или, наоборот, «притяжательную» форму (ср. «мужик» от «муж», «старик» от «старый»). В фамилиях на -ик (типа Кузнечик, Рыжик) он часто закреплял прозвище как родовое имя: Мудоёбик — «сын того, кого звали Мудоеб» или «маленький Мудоеб». Модель образования характерна для украинской и южнорусской ономастики, где продуктивны фамилии на -ик (Бондарик, Ковалик). Это сужает географию: носители фамилии, скорее всего, происходят из черноземных губерний — Курской, Воронежской, Полтавской, где скотоводство было основным занятием.

Сословно фамилия почти наверняка крестьянская. В среде дворянства или духовенства такое прозвище не могло закрепиться — слишком «низкое» по тогдашним меркам, хотя в XVI веке оно еще не воспринималось как ругательство. Позже, с XVIII века, когда матерная лексика стала табуированной, фамилия Мудоёбик почти исчезла из документов: многие носители меняли ее на благозвучные аналоги (Мудров, Мудоедов) или просто утрачивали при переписях. В современных справочниках она не встречается — это архаика, сохранившаяся, возможно, в единичных семьях на юге России или в украинском Полесье.

Однокоренные фамилии — Мудров (от «мудрый» — ошибочное сближение), Мудоедов (прямая калька), а также Мудяк и Мудягин (от «мудя» — «яичко» в диалектах). Но Мудоёбик стоит особняком: его основа сохранила глагольный корень с конкретным действием, а не анатомическим признаком. Это редкий пример того, как прозвище по ремеслу застыло в фамилии, обойдя цензуру позднейших эпох.