Фамилия Муфахаров — редкая не только по частоте, но и по механизму образования. Её основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или арабская, что нечасто встречается в русских фамилиях. В русском языке фамилию оформил суффикс -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Муфахаров, то есть потомок или человек из рода Муфахар.

Корень «Муфахар» восходит к арабскому имени Муфа́ххар (مُفَخَّر). На арабском это причастие страдательного залога от глагола «прославлять, возвеличивать». Буквально — «тот, кого прославляют», «прославленный», «возвеличенный». Имя известно в мусульманском мире, хотя и не относится к самым распространённым. Встречается в формах Муфа́ххар, Муфа́ххир, а в тюркских языках могло упроститься до Муфа́хар или Муфаха́р.

Фамилия Муфахаров — яркий пример того, как личное арабское имя, пройдя через тюркскую языковую среду, закрепилось в русской фамильной модели. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были мусульманами (татарами, башкирами, представителями народов Кавказа или Средней Азии), принявшими русскую фамильную форму в XIX — начале XX века. Встречаемость фамилии низкая, географически она может быть связана с Поволжьем, Уралом или Закавказьем — регионами, где исторически плотно соприкасались славянская и тюркская ономастика.

Важный нюанс: ударение в фамилии не закреплено строго. В русском языке чаще говорят Муфаха́ров (по аналогии с фамилиями на -аров), но в исходном арабском имени ударение падает на второй слог — Муфа́ххар. Разнобой в ударении — обычное дело для фамилий иноязычного происхождения, адаптированных русским языком.