Фамилия Муфахарова — редкий случай в русском ономастиконе. Её основа явно восходит к арабскому корню, а суффикс -ов- указывает на то, что перед нами типичная русская патронимическая модель: «чей?» — «Муфахаров», то есть потомок человека по имени или прозвищу Муфахар. Женская форма Муфахарова, как и в большинстве русских фамилий, образована от мужской через окончание -а.

Корень «муфа́хар» (араб. مفاخر) переводится как «предмет гордости», «тот, кем гордятся», «славный». В арабо-мусульманской традиции слово могло быть личным именем или прозвищем, указывающим на высокое положение человека, его заслуги или богатство. Имя Муфахар встречается у народов, исповедующих ислам, — татар, башкир, народов Кавказа и Средней Азии.

Скорее всего, фамилия Муфахарова сформировалась в среде татарского или башкирского дворянства и купечества, которые в XIX веке активно переходили на русскую модель фамилий. Суффикс -ов- закрепился, когда носители имени Муфахар попали в русскую административную систему: при переписях и ревизиях им просто приписывали окончание, характерное для русских фамилий.

Географически фамилия встречается преимущественно в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах, где исторически компактно проживают татары и башкиры. Встречаемость низкая, что подтверждает её локальный характер: вероятно, она происходит из одного рода или даже одной семьи, чей предок был заметной фигурой в своём селе или городе.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Муфазалов, Муфазаров, Муфахиров — показывает, что все они образованы от одного арабского корня, но с разными вариациями произношения и записи. Это типично для заимствованных имён, которые в устной речи искажались, а затем фиксировались писарями по-своему. В случае Муфахаровой основа ближе всего к классическому арабскому произношению, что может говорить о более грамотном или сознательном выборе фамилии, возможно, в среде духовенства или образованных слоёв.