Фамилия Муфтеев — редкий случай, когда корень слова почти наверняка указывает на религиозную или судебную должность, а не на личное имя или прозвище. В основе лежит арабское слово «муфтий» (مفتي) — исламский богослов, имеющий право выносить решения по религиозно-правовым вопросам, то есть издавать фетвы. В тюркских языках, через которые слово попало в русскую среду, оно звучало как «муфти» или «муфтей».

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом принадлежности -ев, который присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или «й» (в данном случае «й» перешёл в «е»). Буквально Муфтеев означает «сын муфтия» или «потомок муфтия». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые могли давать и крестьянам, и дворянам, фамилии с таким корнем чаще всего встречались в среде татарского или башкирского духовенства, а также среди служилых мусульман, принятых на русскую службу.

В Российской империи муфтии играли важную роль: они возглавляли магометанские духовные собрания, фактически управляя делами мусульманского населения. Поэтому предок-носитель фамилии мог быть не просто священнослужителем, а человеком с административным весом — указным муллой, кадием (судьёй) или даже главой окружного духовного управления. Однако стоит учесть, что фамилию могли дать и по прозвищу: если человека в деревне называли «муфтей» (в насмешку или за привычку поучать), то его дети получали фамилию Муфтеевы.

Географически фамилия привязана к регионам традиционного проживания татар и башкир — Поволжье, Приуралье, отчасти Западная Сибирь. В дореволюционных метрических книгах Оренбургской, Уфимской и Казанской губерний она встречается, но не массово, что подтверждает её сословную окраску: духовное звание не передавалось автоматически всем детям, и фамилия закреплялась только за теми родами, где статус муфтия был наследственным или хотя бы устойчивым. В современной России Муфтеевых немного, и фамилия сохраняет отчётливый отпечаток мусульманской образованности и социального положения предков.