Фамилия Муфтеева — редкий случай в русском ономастиконе, где основа явно восходит к арабскому или тюркскому слову «муфтий» (араб. مفتي — «выносящий фетву», толкователь шариата). В русском языке это слово закрепилось как «муфтий» — высшее духовное лицо у мусульман. Фамилия образована по русской словообразовательной модели: к основе «Муфтей» добавлен патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного), указывающий на принадлежность: «сын Муфтея».

Сама основа «Муфтей» — это адаптированная форма титула «муфтий», которая в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) могла звучать как «мөфти» или «муфти». Окончание -ей в русской записи — типичное оформление заимствованных слов с конечным -и (ср. Ахмет — Ахметей, Хаджи — Хаджией). Таким образом, прозвище Муфтей давали человеку, который либо сам был муфтием, либо служил при нём, либо отличался набожностью и знанием религиозных вопросов. Вряд ли это было официальное духовное звание — скорее бытовое прозвище, закрепившееся за родом.

Географически фамилия Муфтеева тяготеет к регионам традиционного проживания татар и башкир: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Встречается она нечасто, что подтверждает её локальный характер. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия могла записываться с вариантами: Муфтеев, Мухтеев (под влиянием диалектного произношения) или даже Муфтиев — более прямая калька с титула.

С точки зрения социальной истории, носители фамилии Муфтеева, скорее всего, происходили из среды мусульманского духовенства или зажиточных крестьян, тесно связанных с мечетью. В отличие от фамилий на -ов/-ев, образованных от мирских имён (типа Петров), здесь основа — не имя, а титул, что указывает на определённый статус предка. В советское время фамилия утратила религиозный подтекст и стала восприниматься как обычная родовое имя.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Муфтиев, Муфтахутдинов, Муфтахов) показывает, что Муфтеева стоит особняком: она не включает арабский корень, означающий «польза» или «успех» (как в Муфтахове), а прямо отсылает к конкретной должности. Это редкий пример, когда фамилия сохраняет в основе не личное имя, а функциональное обозначение человека в общине.