Фамилия Мугденко — пример восточнославянской модели фамилий на -енко, характерной прежде всего для Украины. Суффикс -енко в XVI–XVIII веках активно использовался для образования фамилий от личных имён, прозвищ и названий профессий, причём в ранний период он имел значение «сын» или «потомок». То есть Мугденко — это буквально «сын Мугды» или «человек из рода Мугды».

Основа «Мугд-» в славянской ономастике неочевидна и не встречается среди распространённых корней. Это редкий случай, когда прозвище могло прийти из тюркских или кавказских языков. В тюркских языках есть слово «мугда» (или «муг»), означающее «волхв», «жрец» или «огнепоклонник», связанное с зороастрийской традицией (ср. «маг», «мог»). Если предок получил такое прозвище, это могло указывать на его внешность, поведение или даже род занятий, напоминающих восточного мудреца или колдуна. Впрочем, возможна и более прозаичная версия: «мугд» могло быть искажением личного имени (например, Мугда — вариант имени Магомет или Магомед в диалектном произношении), особенно если носители фамилии имеют корни в регионах с татарским или кавказским влиянием.

Географически фамилия Мугденко встречается в основном на юге России и в восточной Украине, что подтверждает её происхождение из украинской модели на -енко. Встречаемость крайне низкая: по данным современных баз, носителей — не более нескольких сотен человек, в основном в Ростовской области, Краснодарском крае и Донецкой области. Это говорит о том, что фамилия не вышла за пределы одной локальной ветви рода.

Словообразовательно фамилия проста: корень Мугд- плюс суффикс -енко. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Мугде́нко, хотя в разговорной речи возможны варианты. Окончание -о типично для украинских фамилий, которые в русском языке не склоняются по падежам (кроме случаев, когда речь идёт о мужчинах: «у Мугденко», «с Мугденко»).

Сравнение с однокоренными фамилиями (Мугдин, Мугдов, Мугдусов) показывает, что Мугденко — самая редкая из них. Если Мугдины встречаются в Татарстане и Башкортостане, то Мугденко закрепилась именно в украинской среде. Это наводит на мысль, что предок мог быть выходцем с востока (например, из числа татарских или ногайских переселенцев), который обосновался на украинских землях и получил фамилию по местной модели.

Таким образом, фамилия Мугденко — редкий гибрид: восточная основа, обрамлённая украинским суффиксом. Её носители могут с равной вероятностью вести род от тюркского жреца, от человека с кавказским именем или от обладателя необычного прозвища, которое уже не расшифровать без архивных записей.