Фамилия Мукажанова образована от мужского имени Мукажан по самой распространённой в русской ономастике модели — с суффиксом -ов и окончанием -а, указывающим на женскую линию (дочь или жена Мукажана). Само имя Мукажан — типично тюркское сложносоставное, в основе которого два компонента: «мука» (возможные значения — «печать», «вечность», или же усечённая форма от «Мухаммад») и «жан» (от персидского «джан/жан» — «душа», «жизнь», «любимый»). Таким образом, имя можно перевести как «вечная душа», «печать жизни» или, если учесть религиозный подтекст, «душа пророка Мухаммада».

Фамилия имеет ярко выраженную казахскую и шире — тюркскую основу. В Казахстане имена с компонентом «жан» чрезвычайно популярны: Жанболат, Айжан, Алмажан. Форма Мукажан встречается и как самостоятельное имя, и как вариант имени Мухамеджан, где первый слог редуцировался. Окончание -ова в русском оформлении не должно сбивать с толку: это не делает фамилию русской по происхождению, а лишь показывает, что носители жили в Российской империи или СССР, где фамилии записывали по русским грамматическим нормам.

Особенность этой фамилии — её сравнительная редкость за пределами Средней Азии. В отличие от массовых фамилий вроде Ахметов или Смагулов, Мукажанова сохраняет более узнаваемую связь с исходным личным именем, не превратившись в безликую родовую метку. Если предки носительницы фамилии жили в казахской степи, то, скорее всего, они не принадлежали к высшей аристократии (торе или ходжи), а были из среды простых скотоводов или ремесленников — имя Мукажан давали без сословных притязаний.

Встречаются и редкие варианты написания: Мукажанов (мужская форма), реже — Мукажан-ова через дефис, но это уже канцелярский архаизм. В метрических книгах XIX века фамилию могли записать на слух как Мукаджанов или Мукажанав, но корень оставался тем же.