Фамилия Мукажан — редкий случай, когда мы почти наверняка можем указать не только корень, но и точный источник: это личное имя. В русской традиции фамилии на -ан часто образовывались от крестильных имён (Иван — Иванов, но Иван — Ивана — Иванин), но здесь основа явно восточная, тюркская или арабо-персидская.

Имя Мукажан состоит из двух частей. Первая — «Мука» — восходит к арабскому «мука» (مُقَع), что в исламской среде означает «установленный», «определённый» или является сокращением от Мукатта (имя одного из сподвижников пророка). В казахском и других тюркских языках эта основа встречается в именах Мукаш, Мукан. Вторая часть — «жан» (персидское جان — «душа», «жизнь») — типичный компонент составных имён у казахов, татар, башкир и народов Средней Азии (Айжан, Гульжан, Нуржан). Вместе Мукажан можно перевести как «чистая душа» или «душа, данная Богом», хотя точное значение зависит от контекста: «жан» здесь скорее ласкательный или почтительный суффикс.

Фамилия Мукажан — это, по сути, застывшая форма полного имени предка. В русской среде её не могли дать по модели отчества (Мукажанович → Мукажанов), а взяли как есть — без суффикса -ов/-ев, что указывает на сравнительно позднее оформление фамилии (конец XIX — начало XX века) и на казахскую или татарскую среду, где фамилии часто записывали в виде чистого имени. Географически фамилия встречается почти исключительно в Казахстане, а также среди казахов в России (Оренбургская, Астраханская области) и диаспоре. Среди русских она практически отсутствует.

Носители фамилии — скорее всего потомки человека по имени Мукажан, который жил в степной или полукочевой среде. Сословно это могли быть «чёрные» казахи (скотоводы и земледельцы) или выходцы из духовенства (муллы, хазреты), так как имя имеет религиозный оттенок. Дворянства или купечества среди Мукажанов не зафиксировано — фамилия осталась в народной среде и не попала в родословные книги Российской империи.