Фамилия Мухаматчин — один из тех случаев, когда русский суффикс встречается с мусульманским именем, и получается фамилия, однозначно указывающая на происхождение из татарской или башкирской среды. В основе лежит тюркское имя Мухаматча, которое, в свою очередь, является уменьшительно-ласкательной формой от имени Мухаммат (араб. Мухаммад — «восхваляемый», «прославляемый»). Имена с таким корнем — одни из самых распространённых в исламском мире, и в русских документах они часто адаптировались, обрастая местными суффиксами.

Притяжательный суффикс -ин в фамилии — чисто русский, патронимический. Он отвечает на вопрос «чей?»: Мухаматчин — значит «сын Мухаматчи». Если бы фамилия образовалась от полной формы имени, мы бы получили Мухамматов или Мухаметов, но здесь сработала именно уменьшительная форма, что не редкость в крестьянской среде, где в быту чаще звали не по полному имени. В татарских и башкирских семьях такие «домашние» имена были нормой.

Географически фамилия тяготеет к регионам с компактным проживанием татар и башкир: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Челябинская области. Встречается она нечасто, и это объяснимо: форма на -чин, а не на -ов или -ев, более редкая для фамилий от тюркских имён. Можно провести параллель с фамилиями Мухаматшин или Мухамадеев — они образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Мухаматчин стоит особняком именно из-за суффикса -ч-, который в русских фамилиях от татарских имён обычно указывает на конкретное прозвище или уменьшительное имя, записанное в документах.

Социальный статус предка, скорее всего, был крестьянским или мещанским. Фамилии на -ин в XVIII–XIX веках активно давали государственным крестьянам и тептярям (сословие в Башкирии), поэтому Мухаматчин — это не фамилия дворянина или купца, а человека из народа, чьё имя в официальной бумаге записали так, как его звали в семье.