Фамилия Мухамишин — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не профессия, а сложное составное имя восточного происхождения. Её ядро — имя Мухаммад (в тюркских диалектах часто звучащее как Мухаммет, Мухамиш), которое в переводе с арабского означает «восхваляемый», «достойный хвалы». Это одно из самых распространённых имён в исламском мире, данное в честь пророка. Фамилию образовали по русской модели: к основе «Мухамиш» добавили притяжательный суффикс -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — «Мухамишин», то есть «сын Мухамиша» или «потомок человека по имени Мухамиш».

Интересно, что в фамилии сохранилась тюркская фонетическая адаптация имени: полная форма «Мухаммад» в разговорной речи могла сократиться до «Мухамиш» (с выпадением одного слога), что и закрепилось в фамилии. Такие усечённые варианты характерны для татарских и башкирских фамилий, где исходное арабское имя проходило через гортанное произношение и местные диалекты. Сравните с фамилиями Мухаметшин, Мухамадишин — они образованы от той же основы, но с разной степенью редукции.

Географически фамилия Мухамишин тяготеет к регионам, где исторически жили волго-уральские татары и башкиры: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также к диаспорам в Сибири и Средней Азии. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия почти не встречается — она могла оформиться уже в советское время, когда паспортизация закрепила местные прозвания. В отличие от более частотных Мухаметшиных, носители Мухамишиных — это, скорее всего, потомки выходцев из небольшой деревни или рода, где имя Мухамиш передавалось как родовое.

Сословной принадлежности у фамилии не прослеживается: предки могли быть как крестьянами-земледельцами, так и ремесленниками или торговцами. Единственное, что можно сказать с уверенностью: они были мусульманами, а сама фамилия — яркий пример того, как арабское имя через тюркское посредничество вошло в русскую фамильную систему, сохранив живое народное произношение.