Фамилия Мухамиев — редкий случай, когда основа, суффикс и география указывают на один и тот же регион с большой вероятностью. Это фамилия тюркского происхождения, и её стоит рассматривать не через русскую модель на -ев, а через татаро-башкирскую ономастику.

Корень — «Мухам(м)и» — это диалектная или сокращённая форма арабского имени Мухаммад (восхваляемый). В тюркской среде, особенно у татар и башкир, имя часто редуцировалось до «Мухамми» или «Мухами». Фамильный суффикс -ев здесь — не столько русский патронимический показатель, сколько русифицированное окончание, которое добавили при записи фамилий в метрические книги или при переписях XIX — начала XX века. В исходной тюркской форме фамилия могла звучать как «Мухами улы» (сын Мухами) или «Мухамиев» в арабской графике.

Главная особенность фамилии — её суффиксальная модель. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, образованных от полных форм (Мухаммадов), здесь мы видим основу на -и, что характерно для имён, которые в бытовой речи потеряли конечный согласный. Аналог — фамилии Галиев (от Гали), Халиуллин (от Халиулла). Мухамиев — это «сын того, кого звали Мухами», то есть носитель имени в уменьшительно-обиходной форме.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Это не случайно: именно в этих местах в XVIII–XIX веках шёл активный процесс записи татарских и башкирских имён в русскую паспортную систему. Сословно предки были, скорее всего, государственными или ясачными крестьянами, реже — торговцами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Спорных версий немного. Можно предположить арабское «мухами» (защитник, адвокат), но для образования фамилии это маловероятно: такая основа дала бы «Мухамиев» только при прямом заимствовании из арабского, что нехарактерно для тюркской ономастики. Правдоподобнее всё же связь с именем Мухаммад через бытовое сокращение — это подтверждается и частотностью подобных фамилий (Мухаметов, Мухамедов, Мухамитдинов).

Таким образом, Мухамиев — фамилия, которая хранит след живой речи: предка звали не полным именем Пророка, а его домашним, сокращённым вариантом, и это закрепилось в документе.