Фамилия Мухгалимова — редкий случай, когда основа не бросается в глаза, а география бытования подсказывает верный путь. Носительниц этой фамилии можно встретить в Башкортостане и соседних регионах, и это не случайно.

Корень фамилии — мужское личное имя Мухгалим. Это имя — результат слияния двух арабских компонентов: «мух» (сокращённая форма от «Мухаммад») и «галим» (от араб. «алим» — знающий, учёный). Таким образом, имя Мухгалим означает что-то вроде «прославленный знанием» или «восхваленный учёный». В тюркской среде, особенно у башкир и татар, подобные составные имена из двух арабских корней — распространённая модель.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Мухгалим- добавлен патронимический суффикс -ов- (в женском роде — -ова). Буква «а» в суффиксе — не ошибка, а результат адаптации: в русском языке фамилии от имён на мягкий согласный часто получают наращение «а» перед суффиксом (ср. Илья — Ильин, но Кузьма — Кузьмин). В данном случае форма «Мухгалимова» — женский вариант; мужской — Мухгалимов.

Интересно, что имя Мухгалим не входит в число самых распространённых мусульманских имён, что делает фамилию относительно редкой. В отличие от фамилий от профессий или прозвищ, Мухгалимова прямо отсылает к имени предка, который, вероятно, был уважаемым человеком в своей общине, возможно, муллой или учителем. Других версий происхождения — от прозвища или географического названия — для этой фамилии не предлагается: корень прозрачен и однозначно указывает на антропоним.