Фамилия Мухний — редкий случай, когда прозвище не просто перешло в наследственное имя, а сохранило свою исходную форму без стандартных русских суффиксов принадлежности (-ов, -ин, -ский). Окончание -ий указывает на то, что перед нами украинская или южнорусская модель образования: прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?» или «какой?». То есть Мухний буквально означает «мушиный», «относящийся к мухе».

В основе лежит прозвище Муха. В славянской традиции насекомые давались людям не в обиду, а для образной характеристики. «Мухой» могли назвать назойливого, надоедливого человека, который постоянно вертится рядом. Но столь же вероятно и противоположное значение: быстрого, юркого, неуловимого — того, кого трудно поймать или удержать. В некоторых говорах «мухой» называли мелкого, невысокого человека.

География фамилии подтверждает её украинские корни. Мухниев (встречается и такой вариант с русским суффиксом -ев) и Мухних чаще всего фиксируют в Черниговской, Полтавской и Сумской областях, а также в прилегающих районах России — в Брянской и Курской областях. Это территория древнего расселения северян, где фамилии на -ий были особенно распространены.

Стоит отметить, что существует и другая, менее вероятная версия. В польском языке «much» — мох, а «muchny» может означать «моховой», «покрытый мхом». Однако для фамилии, бытующей в восточнославянской среде, такое толкование выглядит натяжкой: прозвище от насекомого встречается в сотни раз чаще, чем от мха. К тому же параллельные фамилии Мухин, Муханов, Мухачёв — все восходят к мухе, что делает версию с мохом избыточной.

Сословная принадлежность Мухних, скорее всего, крестьянская или казацкая. Фамилия не дворянская: в «Общем гербовнике» она не значится, и в родословных книгах не упоминается. Это имя простого человека, которому дали прозвище за характерную черту — будь то назойливость, быстрота или маленький рост. И сегодня, встречая человека с фамилией Мухний, можно с большой уверенностью сказать, что его предки жили на юго-западе Руси и носили это прозвище уже в XVI–XVII веках.