Фамилия Мухнурова — яркий пример того, как прозвище, данное по внешности или поведению, превратилось в наследственное именование. В основе лежит глагол «мухнуть» — в русских говорах он означал «ударить, стукнуть» или «бросить с силой, швырнуть». Человек, получивший прозвище Мухнур, мог быть вспыльчивым, драчливым или, наоборот, обладать небрежной манерой обращения с вещами — «всё кидает, мухает». Менее вероятна, но возможна связь с подражанием звуку удара (звукоподражательная основа, как в слове «мухнуть» в значении «издать глухой звук»).

Суффикс -ов- указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Мухнуров — «сын Мухнура». Фамилия образована от мужского прозвища, а окончание -а — это форма женского рода, которая закрепилась за представительницей семьи. Встречается также вариант Мухнуров, но Мухнурова — это, скорее всего, запись фамилии в женском роде, что характерно для многих современных документов, где фамилия не склоняется.

Географически фамилия редкая. Основные очаги её бытования — Поволжье и некоторые области Центральной России. В словарях русских фамилий (например, в работах В. А. Никонова) Мухнуров не упоминается как частотная, что говорит о её локальном происхождении: прозвище не вышло за пределы одной-двух волостей или даже одной семьи. Это типично для «говорящих» прозвищ, которые не стали массовыми.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Муханов, Мухин — показывает разницу в суффиксах. Мухин происходит от «муха» (насекомое), Муханов — от тюркского имени Мухан. Мухнуров же стоит особняком: его основа — чисто русский глагол с экспрессивной окраской. Предки носителя фамилии, вероятно, были крестьянами или посадскими людьми, а прозвище им дали за резкость движений или неуживчивый нрав. Никакого отношения к благородным корням или иностранным заимствованиям эта фамилия не имеет.