Фамилия Мухоедов образована от прозвища Мухоед из нарицательного «мухоед» - «утрата чего-либо от поедания мухами». Скорее всего, Мухоедом называли неопрятного человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мухоед, со временем получил фамилию Мухоедов.