Фамилия Мухоедов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Мухоедов образована от прозвища Мухоед из нарицательного «мухоед» - «утрата чего-либо от поедания мухами». Скорее всего, Мухоедом называли неопрятного человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мухоед, со временем получил фамилию Мухоедов. О точном месте и времени возникновения фамилии Мухоедов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Мухоедов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.