Фамилия Мухоедова образована от прозвища Мухоед, котоое восходит к аналогичному нарицательному из нарицательному со значением - «утрата чего-либо от поедания мухами». Возможно, Мухоедом называли человека, в доме у которого много мух. В некоторых областях мухами называли пчел. Соответственно, Мухоедом могли позвать пчеловода. Возможно, прозвище Мухоед закрепилось за человеком, которого часто кусали мухи (пчелы). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мухоед, со временем получил фамилию Мухоедова.