Фамилия Мухаедова — довольно редкая и неоднозначная по происхождению. Её основа, «Мухаед», не вписывается в типичные славянские модели, образованные от крестильных имён или прозвищ. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая из тюркского или арабо-персидского имени.

Ключ к разгадке — в корне «Муха-» (сокращение от Мухаммед) и суффиксе «-ед». В тюркских языках, особенно в азербайджанском и кумыкском, распространена модель образования имён от «Мухаммед» с добавлением аффиксов. «Мухаед» может быть искажённой формой имени «Мухаййад» — «тот, кому помогают» (от арабского корня «аййада» — поддерживать, укреплять). Вторая версия: «Мухаед» — вариант имени «Мухаммед» в местной диалектной огласовке, где конечный «д» — результат адаптации арабского звука.

Суффикс «-ов» (женская форма «-ова») указывает на типично русский способ оформления фамилий по патронимической модели. Это значит, что предок носителя фамилии, вероятно, был человеком по имени или прозвищу Мухаед. Фамилия закрепилась, когда носитель тюркского имени попал в русскоязычную среду (например, при переписи населения или при переходе на русскую фамильную систему). Географически такие фамилии чаще встречаются в регионах с тюркским населением — на Северном Кавказе, в Поволжье или в среде кавказских народов, но с течением времени могли распространиться и в другие области России.

Однокоренные фамилии — Мухаев, Мухамедов, Мухаев — указывают на ту же основу, но с разными суффиксами. Редкость «Мухаедова» говорит о том, что исходное имя или прозвище не получило массового распространения, а осталось локальным. Социальный контекст: предки носителя фамилии, скорее всего, были выходцами из крестьян или горожан, принявших православие или долго живших в русском окружении, — иначе фамилия сохранила бы тюркское окончание (-лы, -заде, -оглы).