Фамилия Мухаеджанов — наглядный пример того, как в русской ономастике закрепилась модель, не свойственная славянским языкам. Её основа восходит к арабскому имени Мухайиддин (или Мухиддин), что в переводе означает «оживляющий веру» или «возрождающий религию». Это теофорное имя, популярное в мусульманском мире, особенно среди суннитов, и нередко встречается у татар, башкир, народов Средней Азии и Кавказа. Русский суффикс -ов, добавленный к арабскому корню, — стандартный способ адаптации иноязычных фамилий в Российской империи, где их оформляли по образцу русских отчеств: «чей?» → «сын такого-то».

Сложность в том, что исходное имя могло звучать по-разному в зависимости от местного произношения. В татарской среде, например, распространена форма Мөхетдин (Мухатдин), а в казахской — Мұхиддин. Фамилия Мухаеджанов, скорее всего, фиксирует один из региональных вариантов — с характерным для некоторых тюркских диалектов переходом «и» в «е» и добавлением аффрикаты «дж» (как в фамилиях Усманджанов, Ахмеджанов). Это указывает на возможное происхождение из Средней Азии или Поволжья, где «джан» (душа, жизнь) часто присоединяли к именам как ласкательный или почтительный компонент.

Таким образом, фамилия Мухаеджанов не имеет единого «чистого» корня — она сплав арабской религиозной лексики, тюркского ласкательного форманта и русского патронимического суффикса. Носитель такой фамилии, скорее всего, потомок человека, которого в документах записали как Мухаеджан (или Мухайиджан) — имя, объединяющее понятия веры и душевной теплоты. Сословная принадлежность могла быть разной: от мулл и купцов до крестьян, но почти всегда это была семья, исповедовавшая ислам, в среде татар, башкир или узбеков.