Фамилия Муханаева — одна из тех, что сразу настораживает: не очевидно, от какого слова образована, и где её искать на карте. Первое, что бросается в глаза — суффикс -ев, который в русских фамилиях указывает на происхождение от прозвища или имени, оканчивающегося на мягкий согласный или -й. Основа — «Мухан-». Тут возможна путаница: в русском языке есть слово «мухан» (устар., диалектное — «мужик», «крестьянин», но с оттенком пренебрежения), однако фамилия явно не из центральной России. Куда вероятнее, что корень тюркский, и фамилия — результат ассимиляции в русской среде.

В тюркских языках (особенно в казахском, башкирском, татарском) «Мухан» — это сокращённая форма имени Мухаммед (Мухаммад). Через звуковые переходы: Мухаммед → Мухам → Мухан. Такое стяжение — обычное дело в народной речи. Соответственно, Муханаев — сын Мухана, то есть потомок человека, которого звали уменьшительно от Мухаммеда. Фамилия с таким корнем характерна для башкир, татар, казахов, но русский суффикс -ев указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской административной среде, скорее всего, в XIX веке при переписях.

Географически Муханаевы чаще всего встречаются в Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а также среди башкирских переселенцев в Сибири. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется в Уфимской и Оренбургской губерниях. Социальный слой — в основном государственные или тептярские крестьяне, реже — казаки. Дворянских корней нет, фамилия сугубо народная, крестьянская.

Интересная деталь: окончание -аева (а не -оева) выдаёт, что основа в исходной форме была мягкой — «Мухань» или «Муханя». То есть в быту человека могли звать Муханя, а в документах записали Муханаев. Встречается и вариант Муханов — от твёрдой основы «Мухан», но Муханаева — форма с более древним уменьшительным суффиксом. Если сравнивать с однокоренными: Мухаметов, Мухамадеев — они образованы от полного имени, а Муханаев — от разговорного, почти домашнего прозвища, что говорит о более низком социальном статусе первых носителей.