Фамилия Муханёва — женская форма фамилии Муханёв, и её разбор стоит начать с суффикса. В русских фамилиях суффикс -ёв встречается реже, чем -ов или -ев, и указывает на происхождение от основы с ударной гласной «ё». В данном случае основа — «мухан», а суффикс -ёв (фонетический вариант -ев после мягкого согласного) означает принадлежность: «сын Мухана» или «из рода Мухана». Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Муханёва.

Корень «мухан» — это прозвище или имя, которое могло возникнуть от нескольких источников. Самая прямая версия — от слова «муха». В русских говорах «мухан» иногда называли человека назойливого, суетливого или мелкого, как муха. Такие прозвища по насекомым были типичны для крестьянской среды: давали их не в обиду, а для меткой характеристики. Однако есть и другая возможность: «мухан» могло быть вариантом тюркского имени или прозвища. В тюркских языках корень «мух» или «муха» связан с понятиями «печать», «знак», а также с именем Мухаммед в упрощённой форме (ср. Мухан, Муханбет). Учитывая географию фамилии — она встречается в Поволжье, на Урале и в Сибири, где исторически были сильны тюркские влияния, — эта версия не менее правдоподобна.

Обратим внимание на редкую черту: фамилия Муханёв (и Муханёва) сохранила ударное «ё», которое в письменной речи часто заменяют на «е», но в устной традиции оно могло держаться. В документах XIX века такую фамилию могли записывать как «Муханев», что затрудняет поиск корней. Если исходить из прозвищной версии, предок носителя фамилии мог быть либо человеком с заметной внешностью или поведением (например, невысокий, быстрый, говорливый), либо выходцем из татарской или башкирской среды, где имя Мухан было сокращением от Мухаммед. Оба варианта не исключают друг друга: в смешанных регионах прозвище могло совмещать русскую и тюркскую основы.

Сословно фамилия Муханёва не указывает на дворянство — суффикс -ёв и прозвищная основа типичны для крестьян и мещан. В переписях и ревизских сказках XVIII–XIX веков такие фамилии встречаются у государственных крестьян, особенно в Пермской и Вятской губерниях. Таким образом, носительница фамилии Муханёва может считать себя потомком либо русского крестьянина с метким прозвищем, либо человека из тюркской среды, чьё имя обрусело. Точный ответ даст только семейная история, но оба пути ведут к простым людям, чьи имена закрепились в быту.