Фамилия Мухан — редкий случай, когда мы имеем дело не с патронимом (от имени отца) и не с прозвищем по ремеслу, а с прямым, почти неизменённым прозвищем. В основе лежит слово «муха». Но не та, что летает, а, скорее всего, переносное значение: на юге России «мухой» называли назойливого, надоедливого человека или, наоборот, очень быстрого, юркого — «мухой пролетит». Вторая версия: в некоторых говорах «мухан» — это «мужик», «мужлан», то есть грубоватый, простой человек. Третье, менее вероятное, но возможное объяснение — от тюркского имени Мухан (вариант Мухаммед), но тогда фамилия скорее писалась бы через «а» в конце и с другим суффиксом.

Фамилия образована без типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ин, -ский). Это чистая основа прозвища, что указывает на её возможное украинское или белорусское происхождение — там такие «голые» фамилии (Коваль, Гончар, Муха) встречаются чаще. В русской традиции её могли «обрусить», добавив окончание, но форма Мухан закрепилась как есть. Встречается она в основном в западных и южных регионах бывшей Российской империи, а также в среде казачества, где прозвища давали меткие и ёмкие.

С точки зрения словообразования, Мухан стоит в одном ряду с фамилиями Муха, Мухин, Мухинский. Но если Мухин — это «чей-то сын» (от Муха), то Мухан — это сам носитель прозвища. То есть предок, скорее всего, был известен в своей общине как «Мухан» — человек с характером, за которым закрепилось такое прозвание. Никакого дворянского или крестьянского сословия по одной фамилии не определить: её мог получить и вольный землепашец, и мещанин, и казак. Главное, что фамилия эта — живая, не книжная, и говорит о том, что предок был заметной фигурой в своей среде, пусть и с нелестным, на первый взгляд, прозвищем.