Фамилия Муханова образована от восточного мужского имени Мухан, которое в переводе с арабского означает «работник» или «наемный работник». Также не исключено, что в основе фамилии Муханова лежит слово «мухан» в том же значении, которое употреблялось как прозвище. В этом случае именование Мухан указывает на род занятий предка. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Мухановых можно лишь на основании генеалогических исследований.