Фамилия Муханюк — яркий пример того, как по суффиксу можно определить регион происхождения. Окончание -юк характерно для западноукраинских и белорусских фамилий, особенно распространённых на Волыни, в Полесье и на Гродненщине. Суффикс -ук/-юк в этой модели указывает на «сына» или «потомка» человека, названного в основе. То есть Муханюк — буквально «сын Мухана» или «потомок Мухана».

Основа фамилии — прозвище Мухан. Оно могло возникнуть двумя путями. Первый и самый очевидный: от слова «муха». В славянской традиции прозвища, данные по названиям насекомых (Комар, Жук, Оса), нередко давали человеку назойливому, суетливому или, наоборот, мелкому и незначительному. Второй, менее распространённый вариант — связь с глаголом «мухать» (в диалектах — «дуть», «веять»), что могло указывать на ветреного или торопливого человека.

Словообразовательная модель здесь проста: к прозвищу Мухан (которое само образовано от «муха» с помощью суффикса -ан, придающего оттенок просторечности или единичности) прибавился патронимический суффикс -юк. Таким образом, фамилия закрепилась за потомками человека, которого в округе знали как Мухана.

В отличие от более частых фамилий на -ов и -ин, которые преобладают в центральной и северной России, Муханюк — маркер западного славянского ареала. Носители этой фамилии с высокой вероятностью происходят из крестьянской или мещанской среды, где прозвища были основным способом различения людей до введения обязательных фамилий в XIX веке. Встречаются варианты написания — Мухонюк, Муханюк, но исходная форма, скорее всего, именно с «а» в корне.