Фамилия Муханев — одна из тех, где основа на первый взгляд прозрачна, но при ближайшем рассмотрении даёт несколько версий. Сразу видно, что в её основе лежит прозвище или имя Мухан. Суффикс -ев указывает на типичную русскую патронимическую модель: Муханев буквально означает «сын Мухана». Вопрос в том, что скрывается за этим Муханом.

Самая прямая и правдоподобная версия отталкивается от слова «муха». Прозвище Муха мог получить человек назойливый, приставучий, либо, наоборот, мелкий и юркий. Но фамилия образована не от «Муха», а от «Мухан» — это уже не просто прозвище, а его производная форма с увеличительным или пренебрежительным суффиксом -ан. В русских говорах имена и прозвища на -ан (Иван, Степан, а также Болван, Грузан) часто указывали на человека крупного, грубоватого или просто выделяющегося по какому-то признаку. Таким образом, Мухан — это «большая муха» или «мухоподобный», но с оттенком просторечия.

Вторая версия, менее популярная, но имеющая право на существование, связывает фамилию с тюркскими корнями. В татарском и башкирском языках слово «мухан» (или «мохан») может означать «печать», «клеймо» или даже быть вариантом имени Мухаммед. Учитывая, что фамилии с суффиксом -ев характерны для русских, но могли возникать и в среде крещёных татар, исключать такую этимологию нельзя. Однако для фамилии Муханев эта версия слабее: прямое заимствование из тюркского чаще давало бы фамилию Муханов (с ударением на второй слог), а форма на -ев здесь выглядит как результат адаптации именно русского прозвища.

С точки зрения географии, фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда. Можно предположить, что предки Муханевых были крестьянами или посадскими людьми из центральной России или Поволжья, где прозвища от животных и насекомых были особенно распространены. В ономастических словарях эта фамилия не относится к числу древних боярских или княжеских родов — это типичная поздняя фамилия, закрепившаяся за простыми людьми в XVII–XIX веках. Интересно, что в некоторых говорах слово «муханить» означало «обманывать», «плутовать», что добавляет прозвищу ещё один возможный оттенок: Муханом могли прозвать хитрого человека.

Таким образом, фамилия Муханев — это, скорее всего, наследие бытового прозвища, которое дали либо за сходство с насекомым, либо за характер, либо за манеру поведения. Точного ответа, за что именно, история не сохранила, но словообразовательная модель говорит о том, что перед нами потомок человека по прозвищу Мухан.