Фамилия Мухортова образована от прозвища Мухорт, в основе которого лежит глагол «мухортаться» - «спесивиться, чваниться, зазнаваться». Вероятно, данное прозвище отражало некоторые особенности характера предка. По другой версии, прозвище Мухорт восходит к слову «мухортый» - «слабый, хилый, тощий, малорослый человек».Согласно суеверному обычаю, существовавшему на Руси, подобные прозвища присваивались детям с целью отвращения злых сил. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Мухортом. Кроме того, «мухортой» называли лошадь гнедой породы с желтыми подпалинами у морды и ног. Поэтому прозвище Мухорт мог получить и владелец такой лошади. Однокоренные прозвища встречаются в документах с XVI века. Веселовского упомянуты: Мухаил Иванович Мухорт Жировой-Засекин, начало XVI в.; Мухортый Неелов, середина XVI в. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мухорт, со временем получил фамилию Мухортова.