Фамилия Мухоморин — один из тех случаев, когда прозвище предка напрямую связано с грибом, причём не с каким-нибудь безобидным, а с ядовитым мухомором. Вопреки ожиданиям, ничего обидного или опасного в этом прозвище, скорее всего, не было. В русских говорах слово «мухомор» имело не только прямое значение «гриб, которым морят мух», но и переносное — так могли назвать человека невысокого роста, щуплого или, напротив, яркого, заметного, «красного» (по аналогии с яркой шляпкой гриба). В некоторых диалектах «мухомором» дразнили того, кто постоянно морщится или ходит с кислым лицом.

Модель образования фамилии стандартная для центральной России: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — «сын Мухомора». То есть Мухоморин — это потомок человека, носившего прозвище Мухомор. Фамилия типична для северных и северо-восточных областей, где лесные промыслы и собирательство были частью быта, а прозвища по грибам встречаются чаще, чем в южных степных районах. Встречаются варианты написания Мухоморин и Мухоморин (с ударением на последний слог), но оба восходят к одной основе.

Интересно, что фамилия Мухоморин попадает в ряд «грибных» фамилий, таких как Грибов, Подберёзкин, Опёнкин, Боровиков. Но если Грибов могло произойти от распространённого имени-оберега (назвать ребёнка Грибом, чтобы он рос крепким), то Мухомор — прозвище более ироничное и описательное. Версия о том, что предок был знахарем и использовал мухоморы в лечебных или ритуальных целях, остаётся лишь гипотезой — прямых документальных подтверждений этому нет, но в народной медицине Севера мухомор действительно применяли.

В дореволюционных переписях фамилия Мухоморин фиксируется с XVIII века, преимущественно среди крестьян и однодворцев. Встречается она нечасто, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы носите эту фамилию, скорее всего, ваши предки жили в Вологодской, Архангельской или Костромской губерниях.