Фамилия Мухоморкин — редкий случай, когда основа не маскируется под что-то другое: она кричит о себе. В отличие от множества «грибных» фамилий (Грибов, Боровиков, Опёнкиных), здесь в основе не съедобный и нейтральный гриб, а ядовитый мухомор. Это сразу задаёт направление поиска: прозвище Мухомор вряд ли дали грибнику или любителю тихой охоты. Скорее всего, его получил человек с яркой, заметной внешностью — например, рыжими волосами или веснушками, которые ассоциировались с красной шляпкой с белыми крапинками. Либо же прозвище носило ироничный или предостерегающий характер: так могли назвать человека «ядовитого» на язык, сварливого или опасного в общении.

Модель образования проста и типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Мухоморкин — «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу Мухомор. Суффикс -к- в основе (Мухомор-к-а) — уменьшительно-пренебрежительный, то есть прозвище могло звучать как Мухоморка, что добавляет оттенок насмешки или фамильярности. Фамилии на -ин обычно закреплялись в северных и центральных регионах России, но конкретных данных о географии Мухоморкиных нет — фамилия настолько редкая, что не попала в крупные ономастические своды.

Интересна параллель с фамилией Мухин (от муха) — там тоже насекомое, но без ядовитого подтекста. Мухоморкин же стоит особняком: её носитель вряд ли мог похвастаться «благородным» происхождением. Скорее всего, предок был крестьянином или посадским человеком, которому прозвище дали в деревне за характерную черту. В дворянские родословные книги такие фамилии не попадали, и в дореволюционных справочниках она не встречается. Это чисто народная, «уличная» фамилия, сохранившаяся вопреки своей неблагозвучности — а значит, прозвище было очень цепким.