Фамилия Мухратов — тюркская по происхождению, что заметно по корню и распространению. В основе лежит мужское личное имя Мухрат (или Муграт), которое у разных народов могло означать «печать» (от арабского «мухр») или «вознаграждённый» (от арабского «мухрадж»). Вторая версия встречается реже, но не исключена, особенно в среде, где имя давали с пожеланием удачи.

Суффикс -ов типичен для русской фамильной модели, которая закрепилась за нерусскими основами в XVI–XIX веках. По сути, Мухратов — это «сын Мухрата». Такие фамилии чаще всего получали крещёные татары, башкиры, казахи или представители других тюркских народов, переходившие в православие. В метрических книгах Поволжья и Урала фамилия встречается с XVIII века, особенно в Казанской и Оренбургской губерниях.

Словообразовательная модель здесь простая: имя плюс патронимический суффикс. Но интересно, что сама основа Мухрат могла быть не только личным именем, но и прозвищем — например, «мухрат» в некоторых диалектах означало «метка», «тавро». Тогда родоначальник мог быть пастухом или скотоводом, ставившим клеймо на скот. Эта версия правдоподобна, если фамилия возникла в кочевой или полукочевой среде.

Географически Мухратовы плотнее всего расселены в Татарстане, Башкортостане и Челябинской области. Встречаются также у казахов, но там фамилия обычно пишется как Мухратов или Мугратов. В русском контексте фамилия не получила дворянского статуса — носители были в основном государственными крестьянами, ясачными людьми или казаками.

Однокоренные фамилии — Мухрин, Мухрачёв, Мухортов — могут быть как родственными, так и случайно созвучными. Например, Мухортов происходит от прозвища «мухортый» (о масти лошади), а не от имени. Так что при поиске предков стоит проверять именно тюркские корни и записи по Урало-Поволжью.