Фамилия Мухратова — редкий случай, когда за основу взято не имя, не профессия и не внешний признак, а, скорее всего, местное прозвище, связанное с диалектным словом. В русских фамилиях суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Мухратов — потомок человека по прозвищу или имени Мухрат. Но с чем связано само слово «мухрат» — вопрос неочевидный.

Вероятнее всего, корень восходит к слову «мухрый» или «мухра» — в тверских, псковских и новгородских говорах так называли хилого, тщедушного человека, либо того, кто ходит неприбранным, всклокоченным. В словаре Даля «мухрый» значит «плохой, невзрачный», а «мухратый» — «лохматый, растрепанный». Если прозвище Мухрат дали такому человеку, фамилия описывает его внешность или характер — нелестно, но метко, как и многие древнерусские прозвища.

Есть и другая версия: в тюркских языках (татарском, башкирском) «мухыр» или «мухра» может означать «печать», «клеймо» или «штамп». Но эта версия слабее: во-первых, суффикс -ов характерен для русской, а не тюркской модели, во-вторых, фамилия с таким корнем почти не встречается в татарской среде. Поэтому диалектное русское происхождение выглядит намного убедительнее.

Географически Мухратовы — фамилия редкая, её очаги заметны в Поволжье и на Урале, но не в центральных областях. Скорее всего, она возникла в северо-западных или северных говорах, где слово «мухрый» было в ходу, а потом вместе с переселенцами ушла на восток.

С точки зрения словообразования фамилия проста: основа Мухрат + патронимический суффикс -ов. Женская форма Мухратова — это не отдельная фамилия, а грамматический вариант, образованный по правилам русского рода. В дореволюционных документах её могли записать и как Мухратовъ.