Фамилия Мухрина звучит так, будто образована от прозвища, связанного с мухой. И это действительно самая прямая и распространённая версия. В старых русских говорах «мухра» или «мухрый» — это не просто насекомое, а человек невзрачный, хилый, неприметный, либо, наоборот, суетливый и назойливый. Прозвище могли дать тому, кто «мухрит» — то есть плутует, хитрит, изворачивается (отсюда же «мухлевать»). Такая основа встречается в фамилиях Мухин, Мухин, Мухортов, но Мухрина выделяется суффиксом -ин, который в русской модели указывает на принадлежность: «чей?» — «Мухрин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Мухра.

Есть и менее очевидный, но более редкий след. В некоторых диалектах «мухра» значила «оборванный край ткани», «бахрома». Тогда прозвище Мухра мог получить портной или ткач, работавший неаккуратно, либо человек, ходивший в рваной, обтрёпанной одежде. Эта версия правдоподобна для северных и сибирских говоров, где слово «мухра» в значении «лохмотья» фиксируется в словарях.

Фамилия Мухрина — женская форма, мужской вариант — Мухрин. Она сравнительно редкая и не имеет однозначной географической привязки. Встречается разрозненно, чаще на Урале и в Поволжье, но не образует плотных гнёзд. Это говорит о том, что фамилия возникла в разных местах независимо, от одного и того же прозвища, но без массового перехода в дворянские или купеческие сословия. Скорее всего, предки Мухриных были крестьянами или посадскими людьми, а сама фамилия — из числа тех, что закрепились за одним родом, не став распространённой.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, Мухрина стоит в одном ряду с Мухиным и Мухортовым, но сохраняет более архаичную, диалектную основу. В отличие от «Мухи» (насекомое), «Мухра» — это уже характер или внешность человека, что делает фамилию не зоологической, а характеризующей.