Фамилия Мухурханов — редкая и сложная для однозначной этимологии. Её основа «мухурхан» не встречается в современных русских именах или прозвищах, а суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — «Мухурханов», то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Мухурхан.

Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, адаптированная русским окончанием. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском, ногайском) слово «мухур» или «мөхүр» может означать «печать», «клеймо», «штамп», а также «знак» или «отметина». В переносном смысле «мухур» — человек, который ставит печать, то есть чиновник, писарь или сборщик податей. Вторая часть, «хан», — широко распространенный титул правителя или военачальника, часто входивший в состав личных имен (например, Ахметхан, Муратхан). Таким образом, «Мухурхан» можно перевести как «хан печати» или «правитель с печатью» — вероятно, почетное прозвище или имя, данное человеку, занимавшему должность хранителя печати или главы канцелярии.

Существует и более приземленная версия: в некоторых тюркских диалектах «мухур» — это «горб», «шишка» или «кривой», а «хан» — усилительная частица. Тогда прозвище Мухурхан могли дать человеку с заметной физической особенностью (например, горбуну). Однако эта гипотеза менее вероятна, так как прозвища с уничижительным значением редко соединяли с титулом «хан».

Фамилия Мухурханов почти наверняка указывает на предка из среды служилых татар или башкир, принявших православие (или живших в русскоязычной среде). В XVI–XIX веках многие татарские мурзы и князья, переходя на русскую службу, получали фамилии на -ов/-ев от своих тюркских имен. Географически фамилия встречается в Поволжье (Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область) и на Северном Кавказе, что подтверждает её восточные корни.

Словообразовательно фамилия интересна тем, что сохранила двусоставную тюркскую основу без редукции, что редко для русифицированных фамилий. Аналогов в русском ономастиконе почти нет — можно вспомнить разве что фамилию Мухаметханов, где вторая часть тоже «хан». Мухурханов — не просто указание на отца, а целый портрет предка: скорее всего, грамотного чиновника или воина, носившего почётное имя-титул.