Фамилия Муклинова — женская форма фамилии Муклинов, а та, в свою очередь, образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или имени, оканчивающегося на согласный, с помощью суффикса -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Муклинов — сын или потомок человека по прозвищу Муклин. Разобраться с основой сложнее, потому что слово «муклин» в современном русском языке не встречается. Здесь и начинается этимологическая загадка.

Самый вероятный путь — связать основу с диалектным или профессиональным словом «мукля». В некоторых говорах так называли неуклюжего, неловкого человека, а также, возможно, того, кто мямлит или говорит невнятно (ср. «мулить» — медлить, тянуть). Прозвище Мукля давалось человеку с такой манерой поведения или речи, а форма Муклин — это уже притяжательное прилагательное от него («чей?» — Муклин). Соответственно, Муклинов — это «сын Муклина», то есть внук или более дальний потомок того самого Мукли. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия не фиксируется в дворянских родословных книгах и не связана с известными географическими названиями — значит, она народная, крестьянская или мещанская, возникшая в среде, где прозвища были повседневностью.

Менее вероятна, но не исключена связь с тюркскими корнями. В ряде тюркских языков есть основа «мук» или «муклы» со значением «печаль», «горе», «скорбь» (ср. татарское «мөкле» — скорбный). Прозвище Муклин могло получить человек, которого считали печальным или угрюмым. Однако в этом случае фамилия скорее имела бы суффикс -ин (Муклин), а не -ов, что для тюркских заимствований в русском языке встречается реже. Поэтому версия с русским диалектным корнем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Муклинов (и Муклинова) редкая. Она встречается спорадически, в основном на юге России и в Поволжье — регионах, где исторически смешивались русское и тюркское население и где диалектная лексика сохранялась дольше. Носительницы фамилии могут происходить из крестьянских семей, где прозвище закрепилось за родом ещё в XVII–XVIII веках, до массового закрепления фамилий. Какой-либо известной исторической личности с такой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её сугубо народное, «низовое» происхождение.