Фамилия Муклинов — один из тех случаев, когда на слух корень кажется тюркским, а по факту перед нами, скорее всего, исконно русская прозвищная фамилия с редкой основой. Чтобы понять её происхождение, стоит посмотреть на словообразовательную модель. Суффикс -ов указывает на патроним («чей потомок?»), а основа «Му́клин» или «Мукли́н» могла быть либо прозвищем, либо фамилией отца, которая уже сама произошла от прозвища.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «мукля» или «мукла». В русских говорах, особенно северных и сибирских, «муклей» называли замкнутого, нелюдимого человека, молчуна или угрюмца. В словаре Даля встречается слово «муклан» — так говорили о неуклюжем и неловком человеке. Таким образом, Муклин — это сын или потомок человека по прозвищу Мукля (или Муклан), а Муклинов — уже его прямой наследник. Эта версия правдоподобнее прочих, так как объясняет и редкое звучание, и типичную для русской ономастики модель: прозвище на -а → фамилия на -ин → вторичная фамилия на -ов.

Вторая гипотеза, менее вероятная, предполагает искажённое тюркское имя, например, Мукли или Муклим (от арабского «муклим» — «щедрый», «дающий пропитание»). Однако переход «м» в «н» в конце основы (Муклим → Муклин) нехарактерен для тюркских заимствований в русском языке, а суффикс -ов в таком случае выглядел бы как «Муклимов». Поэтому тюркский след возможен разве что как единичный случай, а не как массовое образование.

Географически фамилия редкая. По данным открытых источников, наибольшая концентрация носителей Муклиновых фиксируется в Западной Сибири и на Урале — в Курганской, Тюменской областях и в Башкортостане. Это косвенно подтверждает диалектную версию: именно в этих регионах слово «мукля» было в ходу. Встречаются также варианты написания «Мукленов» и «Муклянов» — это результат «аканья» или местного произношения, когда безударная «я» переходила в «е».

Сословная принадлежность Муклиновых, скорее всего, крестьянская или однодворческая. Фамилия образована от прозвища, а не от имени святого, что типично для непривилегированных слоёв. Известных исторических личностей с этой фамилией нет, что лишь подтверждает её локальный, «говорящий» характер: предок был человеком неразговорчивым или угрюмым, и это запомнили соседи.