Фамилия Мукшинов — редкий случай, когда географическая основа почти не оставляет сомнений. В отличие от множества фамилий, образованных от крестильных имён или названий профессий, эта прямо указывает на место, откуда родом её первый носитель. Основа — «Мукши» или «Мухши», а это не что иное, как старое название города, который сегодня мы знаем как Наровчат в Пензенской области. В домонгольскую эпоху и вплоть до XIV века Мукши (или Мохши) был столицей одного из улусов Золотой Орды, крупным торговым и ремесленным центром. После разорения город пришёл в упадок, но память о нём осталась в названиях окрестных сел и, как видим, в фамилиях.

Суффикс «-ов» указывает на стандартную русскую патронимическую или топонимическую модель: «чей?» — Мукшинов, то есть «сын человека из Мукши» или «потомок того, кто родом из Мукши». Если бы фамилия формировалась в тюркской среде, она могла бы звучать как Мукшиев или Мукшиоглу, но русский суффикс говорит о том, что предок, скорее всего, обрусел или жил в русскоязычном окружении, где фамилию оформили по привычной для Московской Руси схеме.

Версия о происхождении от личного имени или прозвища Мукша менее убедительна. В некоторых тюркских языках «мукша» или «мохша» означает «пятнистый», «рябой», и теоретически такое прозвище могло закрепиться. Однако в этом случае мы бы ожидали большего числа носителей фамилии в разных регионах. География же фамилии Мукшинов сегодня — в основном Пензенская, Тамбовская, Нижегородская области, Мордовия, то есть земли бывшего Мукшинского улуса. Это делает топонимическую версию основной и наиболее логичной.

Интересно, что в той же местности встречаются фамилии Наровчатов, Наровчаткин, а также Мохшин — это варианты того же корня, но в разной записи. Мукшинов — одна из немногих фамилий, которая сохранила древнее имя исчезнувшего города, и по ней можно буквально читать историю заселения и смены культур на Средней Волге.