Фамилия Мукшина образована от прозвища Мукша, и в этом имени — память о пестром этническом узоре Поволжья. Основа фамилии восходит к слову «мукша», которым татары издавна называли мордву. Проще говоря, прозвище Мукша, скорее всего, указывало на этническую принадлежность предка: так могли прозвать человека из мордовских земель.

Соседство татар и мордвы в Поволжье длилось веками. Мордва долго находилась в вассальной зависимости от волжских булгар и испытывала их культурное влияние. К XVI веку взаимодействие татар, мордвы и русских стало настолько тесным, что они переняли друг у друга схожие формы хозяйства: земледелие, скотоводство и пчеловодство. В такой среде прозвище по этническому признаку было естественным способом выделить человека среди соседей.

Суффикс -ин в фамилии Мукшина указывает на притяжательность: так могли сказать «чей ты?» — «Мукшин сын», «Мукшина дочь». Со временем это краткое указание на родство закрепилось как фамилия, и потомки человека по прозвищу Мукша унаследовали её.

Ударение в фамилии, как правило, падает на первый слог — Му́кшина, что тоже отсылает к исходному прозвищу. Впрочем, в разных регионах можно услышать и иной вариант произношения, что не меняет смысла основы.

Стоит упомянуть и ещё один пласт: слово «мукша» встречается в топонимике — так называется река в Мордовии. Это лишний раз подтверждает, что корень фамилии прочно связан с мордовским краем, а не с каким-то случайным заимствованием.