Фамилия Мукшин образована от прозвища Мукша по обычной для русских фамилий модели: к основе добавили притяжательный суффикс -ин, который отвечает на вопрос «чей?». То есть Мукшин буквально означает «сын Мукши», «ребёнок Мукши». Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединяли к основам, оканчивающимся на -а или -я, поэтому форма Мукшин, а не Мукшов, закономерна.

Само прозвище Мукша восходит к слову «мукша», которым татары издавна называли окружающих их мордовцев. Вероятно, именование Мукша отражало этническую принадлежность его обладателя: так могли прозвать человека мордовского происхождения в татарской или смешанной среде. Взаимодействие татар и мордвы в Поволжье имеет глубокие корни: мордва долгое время находилась в вассальном подчинении волжским булгарам и испытывала их культурное влияние. К XVI веку соседство татар, мордвы и русских привело к тому, что они переняли друг у друга одни и те же формы хозяйствования — земледелие, скотоводство и пчеловодство. В такой пестрой этнической среде прозвище по национальности было естественным способом выделить человека: Мукша — значит «мордвин».

Стоит добавить, что в ономастике известен и другой пласт значений: «мукша» в некоторых тюркских говорах могло означать не только этноним, но и использоваться как личное именование. Однако версия о прозвище по этнической принадлежности выглядит правдоподобнее, поскольку она опирается на реальные исторические контакты народов Поволжья и на прямую фиксацию слова в татарском языке. Слабая альтернатива, связывающая фамилию с гидронимом Мокша (река в тех же краях), не объясняет форму с буквой «у» в корне, поэтому её можно отбросить.

Фамилия Мукшин встречается преимущественно в Поволжье и в регионах, куда переселялись выходцы из этих мест. Как и многие фамилии, образованные от прозвищ, она не указывает на сословие носителя: Мукшиными могли быть и крестьяне, и посадские люди. Точных дат появления фамилии в документах нет, но сам тип образования с суффиксом -ин относится к довольно раннему пласту русских семейных именований, складывавшихся в XV–XVII веках. Потомок человека, которого в округе знали под прозвищем Мукша, со временем и получил фамилию Мукшин.